EL PROCESO EN MOVIMIENTO

¿Qué dice el genoma del canephora?

Reproducir la escena o elegir una etapa. La animación simplifica el mecanismo; lo que sigue aporta los detalles y las referencias disponibles.

▶ Reproducir el proceso01Dos juegos de once02La flor rechaza su propio polen03Un pariente del arábica04Los genes de la cafeína05Más lento, más productivo

Dos juegos de once

El canephora es diploide: 2n = 22 cromosomas, con un número de base x = 11. Lleva dos juegos de once, uno por progenitor. El primer genoma del género, publicado en 2014, se leyó sobre un haploide duplicado, una planta cuyos dos juegos son idénticos: 568,6 megabases ensambladas sobre 710 estimadas.

Leer las etapas sin animación

1. Dos juegos de onceEl canephora es diploide: 2n = 22 cromosomas, con un número de base x = 11. Lleva dos juegos de once, uno por progenitor. El primer genoma del género, publicado en 2014, se leyó sobre un haploide duplicado, una planta cuyos dos juegos son idénticos: 568,6 megabases ensambladas sobre 710 estimadas.
2. La flor rechaza su propio polenEl canephora es alógamo: la flor no se fecunda con su propio polen, y un árbol aislado no produce nada. Todos los programas clonales, del BP 534 javanés a los Emcapa brasileños, imponen, pues, plantar juntos varios clones compatibles. El arábica, en cambio, se fecunda a sí mismo en más de 90 %.
3. Un pariente del arábicaEl arábica nació entre 610 000 y 350 000 años antes de nosotros de una hibridación entre los ancestros del canephora y del eugenioides, seguida de una duplicación de los cromosomas. De ahí sus cuatro juegos, y este resultado: la mitad del genoma de todo arábica es canephora.
4. Los genes de la cafeínaLa cafeína es fabricada por tres metiltransferasas, enzimas que injertan un grupo metilo en la molécula de partida: XMT, MXMT y DXMT. El canephora tiene tres copias, muy expresadas; el arábica seis, pero menos activas. Resultado: 2,7 % de cafeína frente a 1,5 %, y 3 a 7 % de azúcares frente a 6 a 9 %.
5. Más lento, más productivoCoste daba las cifras del plantador: nueve a once meses de la flor a la cereza madura, frente a seis a ocho para el arábica; cinco kilos de cerezas para un kilo de café comercial; 700 a 1 000 kg/ha en plena producción, frente a 400 a 600.

Para retener: Un árbol solo no da nada: el canephora se reproduce cruzándose, de ahí su diversidad y sus parcelas de clones mezclados.

En la historia: Coste había anotado en 1955 los 22 cromosomas sin poder, escribía, «sacar de ello ninguna conclusión»; esta llegó en 2014 y en 2024.

Leer el artículo completo y sus fuentes ↓

El canephora es diploide, con 2n = 22 cromosomas y un número de base x = 11. Lleva, pues, dos juegos de once cromosomas, uno por progenitor, como la mayoría de las plantas. Coste registra el hecho en 1955 y se detiene ahí: no se puede, anota, «sacar de ello ninguna conclusión».

La conclusión llegó más tarde, en dos tiempos.

Primer tiempo, 2014. Denoeud y sus coautores publican en Science el primer genoma del género. Lo secuenciaron sobre un haploide duplicado de canephora, la accesión DH200-94, es decir, una planta cuyos dos juegos de cromosomas son idénticos: solo hay una versión de cada gen que leer, y el ensamblaje se simplifica.

El resultado se resume en dos números: 568,6 megabases ensambladas sobre un genoma estimado en 710. El orden de los genes se conserva entre las astéridas, el gran grupo de plantas con flores al que pertenece el cafeto: en todos estos vecinos, los genes se suceden en el mismo orden.

Otras familias de genes, en cambio, están amplificadas, es decir, presentes en copias múltiples: las N-metiltransferasas de la cafeína, genes de defensa, las enzimas de los alcaloides y de los flavonoides. Son exactamente las funciones que forman el carácter de la planta.

Segundo tiempo, 2024. Salojärvi y sus coautores establecen en Nature Genetics que el arábica nació entre 610 000 y 350 000 años antes de nosotros. Su origen es una hibridación entre los ancestros del canephora y del eugenioides, seguida de una duplicación cromosómica. De ahí este resultado: la mitad del genoma de todo arábica es canephora.

Coste 1955, p. 331; Denoeud et al., «The coffee genome provides insight into the convergent evolution of caffeine biosynthesis», Science, 345 (6201), 2014, p. 1181-1184; Salojärvi et al., Nature Genetics, 2024, p. 722-725 (digest genético); nivel: revistas con revisión por pares

El canephora es alógamo: la flor no se fecunda con su propio polen, y un árbol aislado no produce nada. Esta es la razón por la que todos los programas clonales, del BP 534 javanés a los Emcapa brasileños, imponen plantar varios clones compatibles juntos, y la razón por la que la especie es genéticamente mucho más diversa que el arábica, autógamo en más de 90 %. World Coffee Research advierte que su póster genealógico engaña a la vista: el círculo arábica, saturado de flechas, no traduce más diversidad, solo más cruces dirigidos conocidos; la realidad es la inversa.

Denoeud et al. 2014 («allogamous diploid»); WCR 2024, modo de empleo del póster, p. 3; WCR 2025, p. 100; Coste 1955, p. 45 (autofecundación del arábica); LC cap. 1

La química del grano se lee en este genoma. El manual ugandés da la diferencia de base: 2,7 % de cafeína en el canephora frente a 1,5 % en el arábica, y 3 a 7 % de azúcares frente a 6 a 9 %.

La revisión de Yang (2026) dice por qué mecanismo. La cafeína es fabricada por tres metiltransferasas, enzimas que injertan un grupo metilo en la molécula de partida: XMT, MXMT y DXMT. El canephora posee tres copias, muy expresadas; el arábica tiene seis, pero menos activas. El número de copias no decide nada, pues; lo que cuenta es la actividad.

El resto de las diferencias va en el mismo sentido. La diferencia de contenido de lípidos entre las dos especies supera 30 %. Un fruto de canephora contiene 16,9 mg de ácido 5-cafeoilquínico frente a 13,6 en el arábica, que acumula en cambio 7,3 a 11,4 % de sacarosa.

Estas diferencias se encuentran en la taza, y se pueden seguir una por una. Más cafeína y más ácidos clorogénicos, por tanto más amargor. Menos grasa, por tanto un cuerpo más seco. Menos azúcar, por tanto menos materia para caramelizar en el tueste.

Coste añadía las cifras del plantador, que describen la misma planta vista desde el campo. Nueve a once meses de la flor a la cereza madura, frente a seis a ocho para el arábica. Cinco kilos de cerezas para un kilo de café comercial. Y 700 a 1 000 kg/ha en plena producción, frente a 400 a 600: más lento en madurar, pero claramente más productivo.

UCDA 2019, § 1.2, p. 4; Yang et al., Agriculture, 2026, p. 3-5 (digest); Coste 1955, p. 46-48 y 324-325 (tabla con una maquetación confusa, cifra por reverificar); LC cap. 17 UCDA 2019, p. 4 y 9; Coste 1955, p. 46-48, 324-325 y 331; Denoeud et al. 2014; Yang et al. 2026; ficha de país Uganda (pays.json)