Le canephora est diploïde, avec 2n = 22 chromosomes et un nombre de base x = 11. Il porte donc deux jeux de onze chromosomes, un par parent, comme la plupart des plantes. Coste enregistre le fait en 1955 et s'arrête là : on ne peut, note-t-il, « en tirer aucune conclusion ».

La conclusion est venue plus tard, en deux temps.

Premier temps, 2014. Denoeud et ses coauteurs publient dans Science le premier génome du genre. Ils l'ont séquencé sur un haploïde doublé de canephora, l'accession DH200-94, c'est-à-dire une plante dont les deux jeux de chromosomes sont identiques : il n'y a qu'une version de chaque gène à lire, et l'assemblage s'en trouve simplifié.

Le résultat tient en deux nombres : 568,6 mégabases assemblées sur un génome estimé à 710. L'ordre des gènes y est conservé parmi les astéridées, le grand groupe de plantes à fleurs auquel appartient le caféier : chez tous ces voisins, les gènes se suivent dans le même ordre.

D'autres familles de gènes, elles, sont amplifiées, c'est-à-dire présentes en copies multiples : les N-méthyltransférases de la caféine, des gènes de défense, les enzymes des alcaloïdes et des flavonoïdes. Ce sont exactement les fonctions qui font le caractère de la plante.

Second temps, 2024. Salojärvi et ses coauteurs établissent dans Nature Genetics que l'arabica est né entre 610 000 et 350 000 ans avant nous. Son origine est une hybridation entre les ancêtres du canephora et de l'eugenioides, suivie d'un doublement chromosomique. D'où ce résultat : la moitié du génome de tout arabica est du canephora.

Coste 1955, p. 331 ; Denoeud et al., « The coffee genome provides insight into the convergent evolution of caffeine biosynthesis », Science, 345 (6201), 2014, p. 1181-1184 ; Salojärvi et al., Nature Genetics, 2024, p. 722-725 (digest génétique) ; niveau : revues par les pairs

Le canephora est allogame : la fleur ne se féconde pas avec son propre pollen, et un arbre isolé ne porte rien. C'est la raison pour laquelle tous les programmes clonaux, du BP 534 javanais aux Emcapa brésiliens, imposent de planter plusieurs clones compatibles ensemble, et la raison pour laquelle l'espèce est génétiquement beaucoup plus diverse que l'arabica, autogame à plus de 90 %. World Coffee Research prévient que son poster généalogique trompe l'œil : le cercle arabica, saturé de flèches, ne traduit pas plus de diversité, seulement plus de croisements dirigés connus ; la réalité est l'inverse.

Denoeud et al. 2014 (« allogamous diploid ») ; WCR 2024, mode d'emploi du poster, p. 3 ; WCR 2025, p. 100 ; Coste 1955, p. 45 (autofécondation de l'arabica) ; LC ch. 1

La chimie du grain se lit dans ce génome. Le manuel ougandais donne l'écart de base : 2,7 % de caféine chez le canephora contre 1,5 % pour l'arabica, et 3 à 7 % de sucres contre 6 à 9 %.

La revue de Yang (2026) dit par quel mécanisme. La caféine est fabriquée par trois méthyltransférases, des enzymes qui greffent un groupe méthyle sur la molécule de départ : XMT, MXMT et DXMT. Le canephora en possède trois copies, très exprimées ; l'arabica en a six, mais moins actives. Le nombre de copies ne décide donc de rien, c'est l'activité qui compte.

Le reste des écarts va dans le même sens. La différence de teneur en lipides entre les deux espèces dépasse 30 %. Un fruit de canephora contient 16,9 mg d'acide 5-caféylquinique contre 13,6 chez l'arabica, qui accumule en revanche 7,3 à 11,4 % de saccharose.

Ces écarts se retrouvent dans la tasse, et on peut les suivre un par un. Plus de caféine et plus d'acides chlorogéniques, donc plus d'amertume. Moins de gras, donc un corps plus sec. Moins de sucre, donc moins de matière à caraméliser à la torréfaction.

Coste ajoutait les chiffres du planteur, qui décrivent la même plante vue du champ. Neuf à onze mois de la fleur à la cerise mûre, contre six à huit pour l'arabica. Cinq kilos de cerises pour un kilo de café marchand. Et 700 à 1 000 kg/ha en pleine production, contre 400 à 600 : plus lent à mûrir, mais nettement plus productif.

UCDA 2019, § 1.2, p. 4 ; Yang et al., Agriculture, 2026, p. 3-5 (digest) ; Coste 1955, p. 46-48 et 324-325 (tableau à la mise en page brouillée, chiffre à revérifier) ; LC ch. 17