Nématodes

En 1927, en Oubangui-Chari (actuelle République centrafricaine), des caféiers excelsoïdes s'arrêtent brutalement de pousser ; le feuillage noircit et s'enroule sans tomber, l'arbre « semble incendié ». En coupe, le cylindre central porte des traînées brun-violacé : le champignon Gibberella xylarioides (forme asexuée Fusarium xylarioides) ne détruit pas les tissus, il bouche les vaisseaux, et l'arbre meurt de soif dans un sol humide. Jugée alarmante en 1938, la maladie avait détruit à peu près complètement 15 000 hectares d'excelsoïdes en 1942.

Pour Barat, elle pénètre exclusivement par les blessures et n'est pas transmise par le sol, d'où un traitement centré sur la désinfection des plaies de taille tous les trois mois ; la station de Boukoko cherchait des sujets résistants (B10, A445).

Coste 1955, p. 217-220 (Barat) ; LC ch. 15

Tenue pour une affaire classée, elle resurgit en 1993 dans le district de Bundibugyo, à l'ouest de l'Ouganda, cette fois sur le canephora. En 1997, les dix principaux districts producteurs sont atteints, à 450 km de la frontière congolaise la plus proche.

L'ampleur se chiffre mal, mais tous les ordres de grandeur sont lourds. L'UCDA estime que la maladie a détruit environ 56 % des canephora ougandais depuis sa détection. D'autres sources parlent de près de la moitié des arbres et d'environ 100 millions de dollars de pertes, avec des foyers en République démocratique du Congo et en Tanzanie. Un programme régional financé par le Fonds commun pour les produits de base, l'Union européenne et le DFID britannique démarre en 2000.

Le diagnostic de la transmission a changé depuis Barat, et cela change les consignes. Le manuel ougandais actuel tient la maladie pour transmise par le sol, et il n'existe aucun remède chimique. Il ne reste donc que des gestes d'hygiène, tous destinés à ne pas déplacer le champignon.

• Le plantDes plants sains, pris en pépinière agréée.
• L'arbre atteintArrachage et destruction sur place, sans le traîner à travers les rangs : un arbre qu'on transporte sème le long du chemin.
• Le paillisNi bois de feu ni coques de café, qui peuvent porter le champignon jusqu'au pied d'arbres sains.
• Les outilsDésinfectés à l'eau de Javel ou au feu, et les plaies traitées aussitôt.
• La replantationRien pendant un an et demi à deux ans, le temps que le sol se vide.

Reste la génétique. Dix clones résistants issus des populations ougandaises elles-mêmes, les NARO-Kituza Robusta 1 à 10, sont diffusés depuis 2009 (voir le canephora).

UCDA 2019, p. 4-5 et 83-84 ; Peck, « Coffee wilt disease: the forgotten threat to coffee », Plant Pathology (2024) ; Rutherford, Phytopathology 96 (2006) ; site/data.js

En Éthiopie, une lignée distincte s'est spécialisée sur l'arabica. Les relevés donnent des incidences moyennes de 20 à 70 % selon les zones, avec 45 % à Gera et 69 % à Bebeka.

Deux façons de compter la perte donnent deux images opposées, et il faut tenir les deux. À l'échelle du pays, la perte annuelle est estimée à 1,6 % du rendement, soit 3 360 t et environ 3,75 millions de dollars : c'est peu. Dans les fermes touchées, la production baisse de 37 % et le revenu de 67 % : c'est une ruine. Une moyenne nationale dilue un dégât qui, lui, est concentré.

Côté lutte, on cherche des adversaires au champignon. Des isolats de Trichoderma et d'actinomycètes prélevés dans la rhizosphère de caféiers sauvages, c'est-à-dire dans la terre qui entoure leurs racines, sont testés comme antagonistes (2023-2024).

Le 6 décembre 2024, Peck et ses coauteurs publient dans PLOS Biology la comparaison de treize souches historiques couvrant six décennies. Fusarium xylarioides comprend au moins quatre lignées : une spécifique de l'arabica en Éthiopie, une du canephora en Ouganda, en RDC et en Tanzanie, et deux historiques.

Le résultat le plus frappant porte sur l'origine de ses armes. Le champignon a acquis de Fusarium oxysporum des gènes qui l'aident à dégrader les parois cellulaires du caféier. Le transfert est horizontal, c'est-à-dire d'un organisme à un autre et non de parent à descendant, et il passe par de grands éléments mobiles d'environ 110 kilobases appelés Starships.

Autrement dit, un champignon n'a pas seulement muté : il a reçu d'un autre un jeu d'outils mis au point sur d'autres cultures. Aucune quantification de pertes récentes n'accompagne ce résultat.

Peck et al., PLOS Biology 22 (2024), e3002480 ; Frontiers in Plant Science 14 (2023), Trichoderma contre F. xylarioides ; Ethiopian Journal of Biological Sciences, revue de la trachéomycose en Éthiopie ; LC ch. 15