Races, gènes SH et le catalogue d'Oeiras
| Agent | Hemileia vastatrix, basidiomycète, parasite obligatoire ; lignées C1-C3, plus de 50 races |
| Cycle | germination 2-4 h dans l'eau à 24 °C, stomate à +1 h, latence 12-18 j, sporulation à 3 semaines ; 300-400 000 spores par lésion |
| Conditions | feuille mouillée 6-24 h, 15-28 °C (optimum 21-25) ; nuits douces raccourcissent le cycle |
| Dispersion | vent (court), pluie, homme et plants (long) ; épidémie focale |
| Pertes | 15 % mondial, 15-80 % par pays ; 1-2 Md$/an ; Ceylan 68 787 → 14 170 ha |
| Lutte | cuivre, triazoles, strobilurines ; variétés SH ; taille, ombrage raisonné, fumure ; seuils 5 % |
Puisque le champignon existe en races, il faut savoir lesquelles, où, et lesquelles ouvrent quoi. C'est la fonction du Centro de Investigação das Ferrugens do Cafeeiro (CIFC), fondé en 1955 à Oeiras, près de Lisbonne, dans un pays qui ne produit pas de café : un catalogue vivant où l'on fait venir des caféiers et des rouilles du monde entier et où l'on croise systématiquement les uns avec les autres.
En 1965, le centre avait réuni 2 101 accessions de café et 783 échantillons de rouille, chacun maintenu vivant sur des plants, race par race. Une race se définit par son profil d'attaque sur une série de caféiers différentiels portant des combinaisons connues de gènes de résistance.
McCook 2019, p. 132-133 ; LC ch. 13 et 16Neuf gènes dominants de résistance ont été identifiés, SH1 à SH9. SH1, SH2, SH4 et SH5 viennent de lignées éthiopiennes d'arabica pur, SH3 de Coffea liberica, SH6 à SH9 de Coffea canephora. Les clones différentiels du CIFC les portent seuls ou combinés ; à chaque gène de résistance répond un gène de virulence chez le champignon (v1 à v9), et une race est nommée par les gènes qu'elle sait contourner.
Plus de cinquante races physiologiques sont décrites (49 chez Barka et al., 2020) ; la race II, qui n'attaque que les arabicas sans gène SH particulier, est la plus répandue au monde. Les prélèvements péruviens de 2024 ont été lus sur 27 différentiels. Les seules sources de résistance disponibles hors de l'arabica ont donc été deux espèces voisines : le liberica en Inde, le canephora partout ailleurs.
Silva et al., Coffee Leaf Rust Resistance: An Overview (Springer, 2022) ; « An overview of physiological specialization of coffee leaf rust », Agronomy Journals 2 (2019) ; BSPP 2022, p. 18 ; Quispe-Apaza et al., Agronomy 14 (2024), 1811 ; LC ch. 13Dans cette planche
- 01Le triangle de la maladieUne épidémie végétale exige trois choses réunies au même endroit et au même moment : un agent pathogène capable d'attaquer (présent et virulent), un hôte capable d'être attaqué (une plante sensible à cet agent précis), et un environnement qui autorise la rencontre (température, eau libre sur les organes, lumière, conduite culturale).
- 02Champignons, spores, parasites obligatoiresUn champignon n'a pas de chlorophylle : il ne fabrique rien et prélève une matière déjà fabriquée, dans du bois mort, des débris ou une plante vivante.
- 03La rouille orangée : biologie et cycleLes symptômes décrits par Barat en 1955 n'ont pas changé : sur la face inférieure de la feuille, des taches jaunâtres de 1 à 2 mm, dispersées puis coalescentes, translucides à contre-jour comme des taches d'huile sur du papier, couvertes d'une poudre orange vif d'urédospores qui reste sur les doigts.
- 04Ceylan, 1869-1890 : la naissance de la phytopathologieEn 1869, Donald Reid, superintendant du domaine de Galloola, remarque des feuilles qui jaunissent.
- 05Le tour du monde d'un champignon, 1872-2020Rouille orangée
- 06Races, gènes SH et le catalogue d'OeirasPuisque le champignon existe en races, il faut savoir lesquelles, où, et lesquelles ouvrent quoi.
- 07La résistance : Kent, S.795, l'hybride de Timor et sa descendanceScolyte des baies
- 08Le Big Rust, 2008-2013, pays par paysBaisse de production attribuée à l'épidémie de rouille, par pays, entre 2008 et 2013.
- 09Les nuits moins froidesTrachéomycose
- 10L'érosion des résistances, 2017-2024Honduras, janvier 2017 : l'IHCAFE reçoit des signalements de rouille sur Lempira, le Catimor (HdT 832/1 × Caturra) massivement replanté après 2012 et devenu une part importante du verger national.
- 11Diagnostic, surveillance et alerteAnthracnose des baies (CBD)
- 12Le scolyte des baies, l'ennemi capitalHypothenemus hampei (Stephanoderes coffeae chez Vayssière, qui défend ce nom en note et a perdu) est un coléoptère africain.
- 13La trachéomycose : de l'Oubangui à l'OugandaNématodes
- 14L'anthracnose des baies, Kenya 1922 et 1971Barat décrit l'anthracnose sous le nom de Glomerella cingulata, dont la forme asexuée s'appelle Colletotrichum coffeanum.
- 15Nématodes, punaises, mineuses, cochenilles, foreursPunaises Antestiopsis
- 16Maladies de sol, de fruits, et ce qui n'est pas vivantLes pourridiés portent les noms de couleur que les planteurs ont donnés à ce qu'ils voyaient sur les racines déterrées : champignon blanc (Leptoporus lignosus), pourriture brune (Phellinus lamaensis), champignon noir (Rosellinia bunodes, mort apoplectique).
- 17La pharmacopée d'hier et d'aujourd'huiMineuse des feuilles
- 18Les moyens de lutte comparésLe principe de la lutte intégrée, diffusé dans l'agriculture mondiale à partir des années 1960 en réaction aux traitements au calendrier, tient en une phrase : on ne traite pas parce qu'un ravageur est présent, mais parce qu'il dépasse le niveau où il coûte plus que le traitement, et on préserve les auxiliaires qui font l'essentiel du travail gratuitement.
- 19Aujourd'hui : 2023-2026Honduras. L'incidence nationale moyenne de rouille, relevée par l'IHCAFE, est passée de 7,57 % à 8,44 % en mars 2026.
- 20Continuer la baladeAilleurs sur le site, les passages qui parlent des mêmes choses que cette planche.