L'érosion des résistances, 2017-2024
| Agent | Fusarium (Gibberella) xylarioides, 4 lignées, gènes acquis de F. oxysporum (Starships) |
| Cycle | entrée par blessures, collet, racines ; vaisseaux bouchés ; arbre « incendié » en quelques mois |
| Conditions | plaies de taille, outils, sol et débris infectés |
| Dispersion | vent, eau de ruissellement, outils, plants, coques, bois de feu |
| Pertes | 15 000 ha d'excelsa en RCA (1942) ; 56 % des canephora ougandais depuis 1993, ~100 M$ ; Éthiopie 20-70 % d'incidence |
| Lutte | aucun produit ; arrachage et brûlage, désinfection des plaies, jachère 1,5-2 ans, clones KR 1-10 (2009), Trichoderma à l'essai |
Honduras, janvier 2017 : l'IHCAFE reçoit des signalements de rouille sur Lempira, le Catimor (HdT 832/1 × Caturra) massivement replanté après 2012 et devenu une part importante du verger national. Les tests confirment la sensibilité. En avril 2017, l'incidence nationale n'est que de 6 %, sous le seuil de dommage économique, mais 18 % des fermes en Lempira relevées en mars dépassent 10 %. Deux hypothèses : une race locale a muté, ou une race étrangère est entrée.
En avril 2018, l'IHCAFE identifie quatre nouvelles souches. Le catalogue WCR de 2025 classe désormais Costa Rica 95 et IHCAFE 90, deux Catimor de la même origine 832/1 × Caturra, en résistance « faible/sensible », Lempira en « intermédiaire », tandis que Parainema (sélection de T5296) reste « hautement résistant ». Au Nicaragua, la résistance de la plupart des cultivars commerciaux a cédé au cours des cinq années précédant 2022.
World Coffee Research, « Coffee leaf rust resistant coffee variety overcome in Honduras » (mai 2017) ; Daily Coffee News, 12/05/2017 ; USDA FAS, Coffee Annual Honduras (mai 2018) ; WCR 2025, fiches Lempira, Costa Rica 95, IHCAFE 90, Parainema ; BSPP 2022, p. 14Colombie, mai 2021 : Cenicafé annonce six races de rouille jamais caractérisées dans le pays et neuf variants à complexité génétique accrue, aux virulences et agressivités différentes de celles des autres pays producteurs. Environ 84 % de la surface colombienne est alors plantée en variétés résistantes (Castillo, Cenicafé 1, Castillo zonales, Tabi) et 16 % en sensibles (Caturra, Typica, Bourbon, certains Catimor).
L'incidence moyenne est de 20 % ou plus sur les sensibles, 6 % ou moins sur les résistantes ; les pertes potentielles sans gestion vont de 30 à 80 % sur les sensibles. Cenicafé travaille en parallèle à l'introgression du gène SH3, d'origine liberica, dans des lignées de Castillo pour élargir la base de résistance. Cenicafé a diffusé au total quatorze variétés résistantes.
STiR Coffee and Tea, « FNC Warns of More Aggressive Races and New Leaf Rust Variants », 12/05/2021 ; Journal of Plant Breeding and Crop Science, « Introgression of the SH3 gene resistant to rust in improved lines of Castillo variety »Pérou, août 2024 : dix-huit échantillons de rouille prélevés sur Caturra, Typica et Catimor dans plusieurs régions, envoyés au CIFC et lus sur 27 différentiels, révèlent cinq races connues et deux races nouvelles. Les lignées Catimor sont sensibles aux deux races nouvelles et aux races XXXIV et XXXV. Le Catimor était la réponse du plan d'urgence péruvien à l'épidémie de 2012-2013 : dix ans plus tard, on trouve au champ ce qui sait l'ouvrir, à peu près au moment où les arbres replantés atteignent leur plein rendement.
Dix-huit prélèvements ne mesurent ni une fréquence ni une surface ; ils établissent que la chose existe. Une résistance génétique n'est pas une propriété, c'est un délai, et le délai raccourcit : quarante ans pour la première génération de Timor, une dizaine pour Lempira.
Quispe-Apaza et al., « New Races of Hemileia vastatrix Detected in Peruvian Coffee Fields », Agronomy 14 (2024), 1811 ; LC ch. 16Dans cette planche
- 01Le triangle de la maladieUne épidémie végétale exige trois choses réunies au même endroit et au même moment : un agent pathogène capable d'attaquer (présent et virulent), un hôte capable d'être attaqué (une plante sensible à cet agent précis), et un environnement qui autorise la rencontre (température, eau libre sur les organes, lumière, conduite culturale).
- 02Champignons, spores, parasites obligatoiresUn champignon n'a pas de chlorophylle : il ne fabrique rien et prélève une matière déjà fabriquée, dans du bois mort, des débris ou une plante vivante.
- 03La rouille orangée : biologie et cycleLes symptômes décrits par Barat en 1955 n'ont pas changé : sur la face inférieure de la feuille, des taches jaunâtres de 1 à 2 mm, dispersées puis coalescentes, translucides à contre-jour comme des taches d'huile sur du papier, couvertes d'une poudre orange vif d'urédospores qui reste sur les doigts.
- 04Ceylan, 1869-1890 : la naissance de la phytopathologieEn 1869, Donald Reid, superintendant du domaine de Galloola, remarque des feuilles qui jaunissent.
- 05Le tour du monde d'un champignon, 1872-2020Rouille orangée
- 06Races, gènes SH et le catalogue d'OeirasPuisque le champignon existe en races, il faut savoir lesquelles, où, et lesquelles ouvrent quoi.
- 07La résistance : Kent, S.795, l'hybride de Timor et sa descendanceScolyte des baies
- 08Le Big Rust, 2008-2013, pays par paysBaisse de production attribuée à l'épidémie de rouille, par pays, entre 2008 et 2013.
- 09Les nuits moins froidesTrachéomycose
- 10L'érosion des résistances, 2017-2024Honduras, janvier 2017 : l'IHCAFE reçoit des signalements de rouille sur Lempira, le Catimor (HdT 832/1 × Caturra) massivement replanté après 2012 et devenu une part importante du verger national.
- 11Diagnostic, surveillance et alerteAnthracnose des baies (CBD)
- 12Le scolyte des baies, l'ennemi capitalHypothenemus hampei (Stephanoderes coffeae chez Vayssière, qui défend ce nom en note et a perdu) est un coléoptère africain.
- 13La trachéomycose : de l'Oubangui à l'OugandaNématodes
- 14L'anthracnose des baies, Kenya 1922 et 1971Barat décrit l'anthracnose sous le nom de Glomerella cingulata, dont la forme asexuée s'appelle Colletotrichum coffeanum.
- 15Nématodes, punaises, mineuses, cochenilles, foreursPunaises Antestiopsis
- 16Maladies de sol, de fruits, et ce qui n'est pas vivantLes pourridiés portent les noms de couleur que les planteurs ont donnés à ce qu'ils voyaient sur les racines déterrées : champignon blanc (Leptoporus lignosus), pourriture brune (Phellinus lamaensis), champignon noir (Rosellinia bunodes, mort apoplectique).
- 17La pharmacopée d'hier et d'aujourd'huiMineuse des feuilles
- 18Les moyens de lutte comparésLe principe de la lutte intégrée, diffusé dans l'agriculture mondiale à partir des années 1960 en réaction aux traitements au calendrier, tient en une phrase : on ne traite pas parce qu'un ravageur est présent, mais parce qu'il dépasse le niveau où il coûte plus que le traitement, et on préserve les auxiliaires qui font l'essentiel du travail gratuitement.
- 19Aujourd'hui : 2023-2026Honduras. L'incidence nationale moyenne de rouille, relevée par l'IHCAFE, est passée de 7,57 % à 8,44 % en mars 2026.
- 20Continuer la baladeAilleurs sur le site, les passages qui parlent des mêmes choses que cette planche.