Anthracnose des baies (CBD)

La rouille se diagnostique à l'œil, en retournant les feuilles basses. Les lésions siègent sur la face inférieure du limbe : sans ce geste, on ne voit rien.

La surveillance, elle, repose sur des relevés d'incidence faits sur des arbres échantillonnés. L'incidence, c'est la part des feuilles portant au moins une lésion, exprimée en classes plutôt qu'en valeur exacte. L'IHCAFE publie ainsi des incidences nationales par classes de fermes (5-10 %, 10-15 %, plus de 15 %) et par département.

Ce chiffre sert à décider, pas seulement à décrire. Le Brésil recommande les fongicides de contact sous 5 % d'incidence et les systémiques au-dessus (Zambolim, 2016), avec une grille de notation visuelle par un œil formé.

Savoir quelle race attaque demande en revanche un laboratoire. Le typage ne se fait pas au champ : les échantillons partent au CIFC pour être inoculés sur la série différentielle, comme les dix-huit prélèvements péruviens de 2024.

Un outil récent déplace le moment du tri. Depuis 2025, la sélection dispose de marqueurs génétiques à bas coût pour la résistance à la rouille, mis au point par WCR avec Cenicafé et l'USDA. Ils permettent de trier des plantules avant de les planter, donc de lire ce que porte un jeune plant sans attendre de voir comment il se comporte au champ.

USDA FAS, Coffee Annual Honduras (mai 2025) ; BSPP 2022, p. 17 ; Quispe-Apaza et al. 2024 ; WCR, 2025 Annual Report (14/05/2026)

Les modèles d'alerte sont récents. Bebber et al. (2016) ont construit un modèle mécaniste de germination et d'infection à partir de la température de la canopée et de la durée d'humectation des feuilles, calé sur les réanalyses climatiques ; le risque quotidien est corrélé à l'eau de surface de la canopée (r = 0,87). Au Nicaragua, l'association de coopératives CAFENICA a lancé un système d'alerte précoce en 2018 et diffuse avec le CIAT des données climatiques pour décider des traitements ; le modèle ExpeRoya, construit par le Cirad dans le projet Procagica, prévoit les épidémies en Amérique centrale et en République dominicaine avec l'IICA (Motisi et al., 2022).

Pour le scolyte, la méthode d'échantillonnage sur 30 arbres introduite à Hawaï en 2012 donne le pourcentage de cerises infestées, la position de l'insecte dans la baie (encore dans la pulpe, donc atteignable par un traitement, ou déjà dans le grain) et les foyers ; les pièges à alcool (éthanol-méthanol, 15 pièges par hectare dans le protocole ougandais) servent au suivi des vols et au piégeage de masse.

Pour la mineuse, un piège à phéromone pour quatre hectares, et des systèmes d'imagerie aérienne et de photogrammétrie terrestre en développement. Pour la trachéomycose et les pourridiés, seul le diagnostic destructif existe (coupe du tronc, racines déterrées).

Bebber et al. 2016 ; BSPP 2022, p. 15 (CAFENICA 2018 ; Motisi et al. 2022) ; Lee et al., « Economic Benefits from Managing Coffee Berry Borer in Hawaii » (2023) ; UCDA 2019, p. 77 ; Insects 12 (2021), revue de Leucoptera coffeella