Le défaut le mieux élucidé est le rio, ce goût médicinal, phénolique ou iodé. Il affecte 20 à 25 % de la production brésilienne, surtout dans l'État de Rio, le Minas Gerais, la Zona da Mata et le nord-ouest de l'Espírito Santo. La condition qui le déclenche est connue : une récolte faite par temps humide.

En 1990, Spadone, Takeoka et Liardon, au centre de recherche Nestlé de Lausanne, comparent des grains verts sains et des grains rioïdes. Ils en isolent les volatils par distillation-extraction, les séparent par chromatographie, puis les flairent. Le coupable est le 2,4,6-trichloroanisole, ou TCA, la molécule du goût de bouchon du vin.

Le TCA est présent dans tous les échantillons rio, entre 1 et 100 ppb, avec son précurseur le 2,4,6-trichlorophénol. Trois observations verrouillent la démonstration. Moins de la moitié du TCA disparaît à la torréfaction, donc le défaut arrive jusqu'à la tasse. Ajouté à un café sain, il reproduit le défaut. Et son seuil de perception dans la boisson est très bas : 8 parties par billion à l'odeur, 1 à 2 ppt en bouche.

Reste l'origine de la molécule. Les grains rio étaient envahis de champignons (Aspergillus, Fusarium, Penicillium, Rhizopus) et de bactéries lactiques. Cela oriente vers une méthylation microbienne de chlorophénols, autrement dit vers des micro-organismes qui transforment le chlorophénol présent sur le grain en TCA.

Le « phénol » des cafés d'Afrique de l'Est (Ouganda, Kenya) relève de la même famille de chlorophénols. Les pages professionnelles lui attribuent l'eau chlorée des stations de lavage, des pesticides phénoliques, des palettes et des planchers de conteneurs traités. Aucune étude équivalente à celle de 1990 ne les a vérifiées, si bien que ces causes restent des hypothèses de métier.

Spadone, Takeoka, Liardon, J. Agric. Food Chem. 38 (1990), p. 226-233 ; Green Coffee Collective, glossaire « phenolic » (page commerciale)

Le défaut « pomme de terre » (potato taste defect) est propre à la région des Grands Lacs : Rwanda, Burundi, Ouganda, RDC. Deux propriétés le rendent redoutable pour un acheteur. Il est sporadique, un bol sur une table, et il est invisible sur le vert. Autrement dit, on ne peut pas l'écarter en regardant le grain, et un échantillon propre ne garantit pas le lot.

Le marqueur est la 2-isopropyl-3-méthoxypyrazine, ou IPMP. Elle se forme quand des grains contaminés chauffent entre 60 et 200 °C, c'est-à-dire dans la plage que traverse toute torréfaction. La contamination est antérieure, mais c'est la cuisson qui fabrique le goût.

Ndayambaje et ses coauteurs (Food Science & Nutrition, novembre 2018) ont isolé sur des grains atteints des entérobactéries : Pantoea, Enterobacter cloacae, Enterobacter cancerogenus, Klebsiella pneumoniae. Ils écrivent pourtant, dans le même article, que « la source de l'invasion n'a pas été identifiée ». Trouver les bactéries ne dit pas par où elles sont entrées.

L'hypothèse dominante désigne la punaise Antestiopsis thunbergii, présente sur 98,7 % des fermes rwandaises. Sa piqûre ouvrirait une porte aux bactéries. Un argument vient du terrain : au Burundi, la combinaison d'insecticides mensuels, de tri visuel des cerises et de flottaison à la station réduit nettement la proportion de bols atteints.

Un article expérimental de 2025 (International Journal of Fruit Science) complique cette histoire. Une blessure mécanique de la cerise suffit à déclencher le défaut, sans aucune punaise. La cause se déplace donc de l'insecte vers la lésion, et la piqûre ne serait plus qu'une façon parmi d'autres de blesser la cerise.

Ndayambaje et al., Food Science & Nutrition (2018) ; Agriculture, Ecosystems & Environment (2018), Occurrence of potato taste defect in coffee and its relations with management practices in Rwanda ; Mechanical Damage Causes Potato Taste Defect in Coffee Without Antestia Bug Infestations, Int. J. Fruit Science (2025), 10.1080/15538362.2025.2548292

Les autres défauts se rangent par maillon. Le fermenté et le sur viennent des délais entre cueillette et dépulpage, d'une fermentation trop longue ou trop chaude, en cuve ou sur la branche (cerises trop mûres), d'un stockage trop humide ou d'une eau sale ; ils signent l'acide acétique et l'éthanol en excès. Le moisi, le terreux et le « surfermenté » viennent des fermentations interminables, des séchages interrompus et des grains rentrés trop humides : c'est le domaine où l'ochratoxine A apparaît, ce qui justifie les seuils de conservation (humidité 12,5 % au plus, activité de l'eau 0,7 au plus).

Le papier, le bois et le « sac » (baggy) sont des défauts de temps : le gras du grain s'oxyde sous l'effet de la chaleur, de l'oxygène et de la lumière, l'hexanal et le méthional en sont les marqueurs, et un grain séché en dessous de 10 % d'humidité devient plat et éventé avant même de vieillir. Le papier signe aussi les quakers, ces grains immatures pâles à la torréfaction, faute de sucres à brunir. Le tri physique en amont est décrit dans la planche traitement.

Perfect Daily Grind, 25 janvier 2018, Coffee Defects and How to Avoid Them (presse professionnelle) ; Yang et al. 2026, p. 15-16 ; Lingle 1986 ; Gagné, The Physics of Filter Coffee (2021), glossaire, « quakers »