UCDA 2019, tableau 21, p. 89 (lecture simplifiée)

La maladie qui a redessiné le canephora africain s'appelle coffee wilt disease, ou trachéomycose. Le mot dit le mécanisme : une mycose, c'est-à-dire une maladie due à un champignon, qui s'installe dans les vaisseaux conducteurs de l'arbre. L'agent est le champignon Fusarium xylarioides, dont la forme sexuée porte le nom de Gibberella xylarioides.

Elle est observée pour la première fois en 1927 en Oubangui-Chari, l'actuelle République centrafricaine, sur une plantation d'excelsa. Barat, dans le chapitre des maladies du traité de Coste, rapporte qu'elle avait détruit à peu près complètement 15 000 hectares d'excelsoïdes en 1942. La cause, elle, n'est confirmée qu'à la fin des années 1940 : on a vu mourir les plantations bien avant de savoir ce qui les tuait.

Ces premières vagues effacent l'excelsa de Centrafrique et du Cameroun, puis s'étendent au canephora du Congo belge et de Côte d'Ivoire. Contre un champignon du sol, il n'y a rien à pulvériser : la seule voie est la plante elle-même. Dès les années 1950, la station de Boukoko cherche donc des sujets résistants, et en retient deux, B10 et A445.

Puis la maladie se tait pendant des décennies. Elle réapparaît dans l'est du Congo au milieu des années 1980 et franchit la frontière ougandaise. Détectée en 1993, elle touche jusqu'à 90 % des plantations et détruit environ 56 % des canephora du pays. Environ un canephora ougandais sur deux, détruit là où l'espèce est chez elle.

Coste 1955, p. 348 et chapitre des maladies (Barat) via LC ch. 4 ; Rutherford, Phytopathology, 96 (6), 2006, p. 663 ; Peck et Flood, « Coffee wilt disease: the forgotten threat to coffee », Plant Pathology, 2024 ; UCDA 2019, § 1.2, p. 4 et § 7.1, p. 83

Le mécanisme est celui d'un garrot. Le champignon vit dans le sol, entre par les blessures du collet et des racines, colonise les vaisseaux et bloque la montée de l'eau : les feuilles jaunissent et s'enroulent, l'arbre se défeuille et meurt par le haut, tige après tige sur un pied multicaule ; l'écorce entaillée montre une bande noire du bas en haut, des chancres fendent le collet, les cerises mûrissent prématurément et restent accrochées, et l'arbre mort tient debout, à la différence d'un pied tué par l'armillaire.

Il n'existe aucun remède chimique. Les spores voyagent avec le vent, l'eau de ruissellement, la terre et les plants déplacés, les coques de café utilisées en paillis, le bois mort ramassé pour le feu et les outils non désinfectés. Le manuel prescrit donc l'arrachage sur place, le brûlage, l'interdiction du paillis de coques tant que la maladie n'est pas éradiquée, la désinfection des outils à l'eau de Javel ou au feu, dix-huit mois à deux ans sans café sur la parcelle, et la replantation en clones résistants sur une parcelle neuve. C'est cette pression qui a fait de l'Ouganda le pays des dix clones KR.

UCDA 2019, § 7.1.1 à 7.1.3, p. 83-84, figures 50-51

La rouille, elle, existe sur tout le canephora ougandais entre 1 000 et 1 500 mètres, certains cultivars y étant plus sensibles que d'autres. Le manuel juge pourtant le traitement chimique non rentable sur canephora, contrairement à l'arabica : le fongicide coûterait plus cher que la récolte qu'il sauverait. La réponse passe donc par les clones résistants et par la conduite du verger, pas par le pulvérisateur.

Le red blister, dû à Cercospora coffeicola, n'a été signalé que dans les basses terres d'Ouganda et de la région de Bukoba en Tanzanie. C'est une affaire de plaine, pas de coteau.

Le cortège d'insectes est détaillé dans la planche des maladies. Retenons ici le lien avec le climat. La sécheresse prolongée et la chaleur accroissent la vulnérabilité du canephora ougandais au foreur noir des rameaux (Xylosandrus compactus) et à la trachéomycose. En Asie et au Brésil, elles aggravent les nématodes à galles. Autrement dit, une part du risque sanitaire se joue sur la pluviométrie avant de se jouer sur les traitements.

UCDA 2019, § 7.2-7.3, p. 85-86 ; Kawuki et al. 2026, introduction