Les banques de gènes : une plantation, pas un coffre
La graine de café n'accepte pas le traitement qui rend possibles les grandes réserves de semences. Ce traitement est simple : on sèche la graine, on la met au grand froid, et elle attend.
Le café appartient au groupe intermédiaire. Il tolère une déshydratation partielle et un froid limité, et meurt au-delà.
Conserver une espèce de Coffea hors de son milieu signifie donc tenir des arbres vivants, en terre, replantés à chaque génération. Une collection de café est une plantation, et elle en a toutes les fragilités. Les maladies y entrent. La pollinisation croisée y fait qu'un arbre replanté n'est plus tout à fait celui qu'on avait collecté. Et tout dépend du budget de l'année suivante.
La cryoconservation d'embryons par vitrification est publiée et pratiquée, notamment au Millennium Seed Bank de Kew et, dès 2000, dans des protocoles IRD testés au CATIE. Elle demande un laboratoire et des mains formées. À ce prix, aucune collection complète n'a encore été traitée en entier.
L'évaluation de 2019 mesure la conséquence. 55 % seulement des espèces sauvages sont conservées quelque part.
Et le gradient est à l'envers. Les espèces en danger critique ne sont conservées qu'à 23 %, contre 58 % des espèces en danger et 59 % des vulnérables. Autrement dit, moins une espèce a de chances de tenir dehors, moins elle a de chances d'être gardée dedans.
Le détail achève le tableau. 12 espèces, dont 7 en danger critique, ne sont ni en collection ni en aire protégée. Et il y a le groupe des 38 espèces les plus croisables avec les cultivars, celles qui serviraient le plus à la sélection. Là, 61 % sont menacées et 58 % absentes des banques.
Davis et al. 2019, p. 3-4 et tabl. 1 ; Crop Trust, « A closer look at coffee », 19 nov. 2019, croptrust.org ; LC ch. 21Pour que la sélection ait un jour de quoi travailler, il faut des collections. Un mot d'abord sur ce que c'est. Une accession, dans une collection de plantes, c'est un matériel précis, ramassé à un endroit et à une date donnés, sous une référence. C'est l'unité de base de tout ce qui suit.
La collection internationale du CATIE, à Turrialba au Costa Rica, garde depuis plus de soixante-dix ans la seule collection de café reconnue internationalement. Elle compte près de 2 000 accessions, 12 000 arbres et 23 espèces sur 11 hectares.
Elle est à 92 % d'arabica. Les autres espèces, toutes ensemble, occupent donc moins d'un dixième des arbres.
Et voici le problème, en un chiffre. Environ 5 % seulement de ce matériel est dupliqué ailleurs, au Salvador, au Rwanda et à l'Hacienda Alsacia de Starbucks au Costa Rica. Une collection en champ est vivante, donc mortelle : un ouragan, une maladie, un incendie, et le matériel disparaît. 63 accessions éthiopiennes ont été cryoconservées à la banque de l'USDA de Fort Collins, et une étude de 2021 identifie 403 accessions à dupliquer d'urgence.
Ailleurs, le centre de recherche de Jimma, en Éthiopie, détient 4 780 accessions en champ.
Combien y en a-t-il au total dans le monde ? Personne ne le sait vraiment, et le rapport du Crop Trust de 2017 donne la mesure de ce flou : 21 087 accessions déclarées à la FAO en 1998, 41 915 dans une compilation ultérieure, 21 026 chez les 14 banques ayant répondu à sa propre enquête, dont 1 314 déjà perdues. Le Crop Trust prévient lui-même que la hausse des chiffres traduit surtout des doublons, pas des découvertes.
Restent deux réserves que personne ne gère : la forêt et le Yémen.
Côté forêt, deux réserves de biosphère éthiopiennes, Kafa et Yayu, sont entrées au réseau UNESCO en 2010. C'était tard : entre 1971 et 1997, 235 400 hectares de forêt avaient été déboisés sur les hauts plateaux du sud-ouest.
Côté Yémen, Montagnon et ses coauteurs ont analysé en 2021, dans Agronomy, 137 échantillons couvrant 25 000 km² de terrasses. Ils y ont identifié un groupe génétique qu'on ne connaissait nulle part ailleurs, baptisé Yemenia ou New-Yemen, qui vient s'ajouter aux populations mères Typica, Bourbon et SL34. Une diversité entière dormait dans un pays d'où plus personne n'allait chercher de café.
Crop Trust, 19 nov. 2019 ; Frontiers in Sustainable Food Systems 2021, 777415 (CATIE, 403 accessions) ; Genetic Resources and Crop Evolution 2008 (Jimma) ; Crop Trust 2017, Global Conservation Strategy for Coffee Genetic Resources, p. 11-22 ; Montagnon et al. 2021, Agronomy 11 ; digest génétiqueDans cette planche
- 01Le cahier des charges d'une plante de sous-boisLe caféier arabica demande une moyenne annuelle de 20 à 25 °C, tolère des minima autour de 15 °C et des maxima autour de 30 °C, et ne supporte pas le gel : l'arbre meurt entre moins deux et moins trois degrés.
- 02Ce que le climat fait déjà : rouille, gel, sécheresseLe premier signal n'a pas été une température mais un champignon.
- 03Ce que les modèles annoncent pour 2050La première projection globale revue par les pairs est celle de Bunn, Läderach, Ovalle-Rivera et Kirschke, parue dans Climatic Change en 2015.
- 04Première réponse : monter, ombrager, irriguerLes producteurs ne lisent pas les modèles, ils déplacent des pépinières.
- 05Mécaniser : ce que la machine compense, et où elle ne passe pasDans un café cueilli à la main, la récolte est le poste le plus lourd du coût de production.
- 06Deuxième réponse : les hybrides F1 et l'industrialisation de la sélectionUn hybride F1 est le croisement de première génération entre deux parents génétiquement éloignés, typiquement une lignée résistante issue de l'hybride de Timor et une accession sauvage éthiopienne ou soudanaise ; il cumule vigueur, rendement et résistance dans des proportions qu'on ne sait pas obtenir autrement.
- 07Troisième réponse : lire, puis éditer les génomesEn avril 2024, Salojärvi et coauteurs publient dans Nature Genetics le génome de référence de l'arabica.
- 08Ce qui se passe sous l'arbreCette planche parle d'ombrage, d'altitude, d'irrigation, de variétés.
- 09La réserve des espèces oubliéesLe genre Coffea compte 130 espèces décrites depuis que Davis et Rakotonasolo en ont ajouté six du nord de Madagascar dans Kew Bulletin en 2021 (C. callmanderi, C. darainensis, C. kalobinonensis, C. microdubardii, C. pustulata, C. rupicola), quatre d'entre elles strictement endémiques d'un massif.
- 10Le canephora comme avenir, et ses limitesLe canephora représente aujourd'hui environ 40 % de la production mondiale, contre 25 % au début des années 1990.
- 11Ce qui reste à sauver : 60 % des espèces menacéesL'arabica sauvage lui-même est classé « en danger », et la manière dont il y est arrivé est le fait le plus troublant de l'article : évalué sur les critères habituels, il sort en « préoccupation mineure » ; en intégrant les projections climatiques, il saute trois catégories.
- 12Les banques de gènes : une plantation, pas un coffreLa graine de café n'accepte pas le traitement qui rend possibles les grandes réserves de semences.
- 13L'économie : record de production, fermes minuscules, recherche sous-financéeLe paradoxe de 2025-2026 tient en deux chiffres.
- 14La réglementation : le règlement européen contre la déforestationPour le café, toute la difficulté tient dans un verbe : géolocaliser.
- 15La demande : l'Asie, la spécialité, le café sans grainLa demande se déplace vers l'est. Le rapport GAIN de l'USDA de janvier 2026 chiffre le marché chinois du café à 42 milliards de dollars en 2024.
- 16Ce qu'on ne sait toujours pasLa revue de Yang et coauteurs (2026) dresse la liste explicite de ce que la science ignore : la fonction des gènes candidats dans un fond tétraploïde, les voies de biosynthèse des précurseur…
- 17Aujourd'hui (septembre 2026)Où en est-on à l'heure où cette planche s'arrête ? Voici l'état des lieux, en quatre temps.
- 18Continuer la baladeAilleurs sur le site, les passages qui parlent des mêmes choses que cette planche.