Chiffres clés 2019-2026 ; dates et références dans le texte.

En avril 2024, Salojärvi et coauteurs publient dans Nature Genetics le génome de référence de l'arabica. Un génome de référence, c'est la lecture ordonnée de tout l'ADN d'une espèce, la carte que consulteront ensuite ceux qui cherchent un gène.

Ils publient aussi celui de ses deux parents. L'arabica est né du croisement de deux espèces, et sans leurs génomes on ne sait pas de qui il tient quoi.

Le travail porte sur 41 accessions d'arabica reséquencées. Parmi elles, un spécimen du XVIIIe siècle fourni par la Linnean Society de Londres, qui donne un point de comparaison très ancien. Parmi elles aussi, l'hybride de Timor et cinq de ses rétrocroisements.

Trois méthodes indépendantes datent l'hybridation fondatrice entre les ancêtres de canephora et d'eugenioides entre 610 000 et 350 000 ans avant le présent. Trois méthodes qui convergent, c'est ce qui fait tenir une date.

Les auteurs signalent explicitement que l'estimation de 20 000 ans avancée par Scalabrin et coauteurs en 2020 (Scientific Reports) est probablement une sous-estimation, biaisée par les goulots d'étranglement de population. Un goulot d'étranglement, c'est un effondrement du nombre d'individus : une part de la diversité accumulée disparaît avec eux. La lignée paraît alors plus jeune qu'elle n'est.

Cette date concerne l'événement évolutif, pas les hommes. La domestication au Yémen lui est postérieure de plusieurs centaines de milliers d'années.

Salojärvi et al. 2024, Nature Genetics 56, p. 721-731, p. 722-725 ; Scalabrin et al. 2020, Scientific Reports 10, 4642 ; LC ch. 1 et digest génétique

Le même article localise ce qui compte pour la sélection. L'introgression de l'hybride de Timor, c'est-à-dire l'entrée durable, dans une espèce, de matériel génétique venu d'une autre, couvre 7 à 11 % du génome des lignées résistantes.

Trois gènes candidats de résistance à la rouille (RPP8, CPR1, LRK10L) sont isolés sur le chromosome 4. Et le Geisha panaméen est génétiquement proche d'accessions sauvages collectées près du mont Gesha, sur le versant occidental du Rift éthiopien.

Disposer de ces positions change le calendrier du sélectionneur. On trie de jeunes plants sur marqueurs, au lieu d'attendre que la rouille passe au champ pour voir qui tient.

La revue de 2026 pose deux réserves. La fonction de ces gènes candidats reste à valider dans un fond tétraploïde. Celui de l'arabica porte quatre jeux de chromosomes, donc plusieurs copies de chaque gène à vérifier. Et les voies de biosynthèse des précurseurs d'arôme demeurent peu explorées.

Au Brésil, 97,55 % des cultivars descendent des seuls groupes Typica et Bourbon. Lire le génome ne crée pas de diversité. Cela mesure ce qui manque.

Salojärvi et al. 2024, p. 726-727 ; Yang et al. 2026, p. 6 ; WCR, Catalog 2025, p. 10

• L'édition du génome est l'étape suivante, et elle en est au stade de la preuve de concept. Breitler et coauteurs (CIRAD) ont montré en 2018, dans Plant Cell, Tissue and Organ Culture, qu'une mutagenèse ciblée par CRISPR/Cas9 est efficace chez Coffea canephora et pourrait accélérer sa domestication
• Casarin et coauteurs (Scientific Reports2022) ont obtenu sur le clone 14 de canephora, avec plusieurs guides visant le gène de la phytoène désaturase, 77 % de plantes portant les mutations attendues dont la moitié homozygotes sur au moins une cible
• Leibrock et coauteurs (Food Science and Biotechnology, 2022) ont identifié les gènes XMT et DXMT comme cibles d'un café naturellement sans caféine et discuté l'acceptabilité sociale d'un tel produit. Les cibles évidentes sont la caféine (supprimer une étape industrielle de décaféination), les gènes de résistance à la rouille localisés en 2024, et la tolérance thermique
• les obstacles sont la tétraploïdie de l'arabica, qui multiplie les copies à éditer, la lenteur de la régénération par embryogenèse somatique, et des régimes réglementaires divergents, l'Union européenne traitant encore les plantes éditées comme des OGM tandis que plusieurs pays producteurs ne le font pas. Aucun café édité n'est cultivé commercialement à la date de cette planche.

Breitler et al. 2018, Plant Cell Tissue Organ Cult. 134, doi 10.1007/s11240-018-1429-2 ; Casarin et al. 2022, Scientific Reports 12 ; Leibrock et al. 2022, Food Science and Biotechnology 31 ; Yang et al. 2026, p. 6 (validation en fond tétraploïde)