Voilà la question à laquelle tout le monde répond, et que personne n'a tranchée.

La réponse qu'on lit partout est simple : les micro-organismes fabriquent des enzymes qui découpent les pectines, et le mucilage se décolle. C'est plausible, et c'est probablement faux, ou du moins très incomplet.

Une équipe a testé l'idée en 2002. Elle a mesuré l'activité découpante des bactéries présentes : faible. Elle a ensuite ajouté exprès des micro-organismes réputés pour cette activité. Résultat : la dégradation n'a pas été plus rapide, et la tasse n'a pas changé. Leur conclusion est que le mucilage ne se fait pas découper, il se fait dissoudre par l'acide que les microbes produisent.

Une autre équipe a repris la question en 2023, avec une expérience plus fine : sept traitements en parallèle pendant trente-six heures, en supprimant tantôt les bactéries, tantôt les levures, tantôt les deux, et en maintenant dans un cas le bain à pH neutre pour empêcher toute acidification. Leur réponse est différente et plus précise. Dans les douze premières heures, ce sont les enzymes du fruit lui-même qui travaillent, au point que le mucilage se dégrade en partie même sans aucun micro-organisme. Ensuite, ce sont les levures qui terminent. Les bactéries, elles, ne jouent aucun rôle déterminant.

Autrement dit : le fruit commence, les levures finissent, l'acide aide, et la phrase qu'on lit partout attribue le travail à ceux qui en font le moins. C'est un bon exemple de ce que vaut une explication répétée mille fois sans avoir été mesurée.

Les deux protocoles, et pourquoi ils ne se contredisent peut-être pas

Avallone et coauteurs, 2002. Isolement des bactéries de fermentations réelles, mesure de leur activité pectinolytique, puis inoculation de souches pectolytiques. Deux résultats : l'activité mesurée est faible, et Leuconostoc mesenteroides s'est révélé incapable de produire des enzymes pectinolytiques pendant la fermentation d'un arabica. L'inoculation a permis un contrôle microbiologique du procédé, sans accélérer la dégradation ni modifier la qualité sensorielle. Conclusion des auteurs : la dégradation vient de l'acidification, les acides organiques solubilisant les substances pectiques.

Étude publiée dans Yeast, 2023, volume 40, pages 425 à 436. Café dépulpé, sept traitements sur trente-six heures, avec suppression sélective des bactéries endogènes et des levures, ajout de pectinases ou d'acide lactique, et une modalité maintenue à pH 7 du début à la fin pour neutraliser l'hypothèse de l'acidification. Résultats : activité pectinolytique endogène significative dans les douze premières heures, au point d'abîmer partiellement les grains en l'absence de micro-organismes ; dégradation complète seulement en présence de levures ; rôle critique des bactéries non retrouvé ; Hanseniaspora uvarum et Pichia kudriavzevii montrant les activités pectinolytiques les plus fortes.

Les deux ne s'opposent peut-être pas frontalement. Avallone cherchait des enzymes bactériennes et n'en a pas trouvé, ce que l'étude de 2023 confirme. Sa conclusion sur l'acidification reste une explication par défaut, que la modalité à pH 7 de 2023 met en difficulté sans l'éliminer. Ce qui manque pour trancher est une réplication indépendante de la modalité à pH neutre, sur plusieurs origines et plusieurs variétés.

Avallone, Guyot, Brillouet, Olguin, Guiraud, Involvement of pectolytic micro-organisms in coffee fermentation, International Journal of Food Science and Technology, 37 (2002) ; Yeasts are essential for mucilage degradation of coffee beans during wet fermentation, Yeast, 40 (2023), p. 425-436

Un même ouvrage soutient les deux thèses que la planche oppose

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La section présente la thèse enzymatique comme celle qu'on lit partout et qui est probablement fausse. Un ouvrage paru en 2025 chez un éditeur scientifique la soutient sans la moindre réserve, et c'est une raison de la réexaminer plutôt que de la ranger.

Hackler et Särchen écrivent que le mucilage est constitué principalement de pectine, que les pectinases peuvent la dégrader, que cette dégradation est essentielle pour que la cerise devienne un grain, et que sans pectinases cela ne serait pas possible. C'est la formulation la plus forte de la thèse, écrite à l'indicatif et sans alternative. Il faut aussitôt regarder sur quoi elle repose : sur une revue des applications commerciales des pectinases, qui ne porte pas spécifiquement sur le café.

Autrement dit, l'argument est que ces enzymes savent faire ce travail en général, ce que personne ne conteste, et non qu'elles le font dans une cuve de café, ce qui est la question.

Le plus instructif vient ensuite. Les mêmes auteurs, six pages plus haut, écrivent que les levures accélèrent la dégradation du mucilage en produisant des enzymes, et que Saccharomyces cerevisiae, Wickerhamomyces anomalus et Pichia kudriavzevii conservent une activité pectinase élevée même quand l'acidité monte. Cette précision-là va dans le sens exact de l'essai publié dans Yeast en 2023, que la section mobilise contre la thèse enzymatique. L'ouvrage tient donc simultanément les deux positions que la planche oppose, sans paraître s'apercevoir qu'elles s'opposent.

Il est possible que cette cohabitation soit moins incohérente qu'elle n'en a l'air, et la démêler est plus utile que la relever. Trois questions distinctes sont ici confondues sous une seule formule.

• Des pectinases travaillent-elles ?Personne n'en doute, et l'essai de 2023 les mesure. Sur ce point, l'ouvrage, Avallone et l'essai de 2023 sont d'accord.
• À qui appartiennent-elles ?C'est le seul vrai désaccord. Avallone cherchait des enzymes bactériennes et n'en a pas trouvé ; l'essai de 2023 attribue les douze premières heures aux enzymes du fruit et la suite aux levures ; Hackler et Särchen, quand ils précisent, nomment des levures. La thèse réellement contredite est donc la thèse bactérienne, qui est précisément celle que le commerce répète.
• Combien la part enzymatique pèse-t-elle face à l'acidification ?C'est la question qu'aucune des trois sources ne referme. La modalité maintenue à pH neutre de 2023 met l'explication par l'acide en difficulté sans l'éliminer.

Ce qui permettrait de trancher est une mesure dont personne ne dispose : l'activité pectinolytique d'une même cuve, suivie dans le temps et attribuée à son origine, fruit, levures ou bactéries, par exemple en séparant les fractions et en comparant à des témoins où chaque source est neutralisée tour à tour. L'essai de 2023 s'en approche par soustraction, mais il ne quantifie pas les parts. Tant que cette répartition manque, la phrase juste n'est pas que la thèse enzymatique est fausse : c'est qu'elle est vraie de la mauvaise famille d'organismes, et qu'on ne sait pas encore ce qu'elle pèse.

\n Hackler et Särchen, chapitre 4, p. 50 pour la thèse enzymatique, et p. 44 pour l'activité pectinase des levures. Avallone et coauteurs, International Journal of Food Science and Technology, 37, 2002. Yeast, 40, 2023, p. 425 à 436.\n

Retirer les levures pour voir ce qu'elles font, deux fois et deux équipes

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L'essai de 2023 que la section mobilise n'est pas isolé. Une expérience du même type, et de la même logique, l'a précédé de trois ans, et elle change le poids de l'argument.

Elhalis, Cox et Zhao ont retiré délibérément les levures pendant le traitement d'un café lavé, et le café obtenu était, selon la formule reprise par Hackler et Särchen, sans goût. Le résultat a été publié en 2020 dans l'International Journal of Food Microbiology, c'est-à-dire dans une revue à comité de lecture d'un domaine exigeant sur les protocoles microbiologiques.

Ce type d'expérience mérite d'être expliqué pour lui-même, parce qu'il est rare dans ce domaine et qu'il vaut plus cher que les autres. La quasi-totalité de la littérature sur la fermentation du café procède par ajout : on inocule une souche, on compare à un lot spontané, et on conclut que la souche fait quelque chose. Un ajout montre au mieux qu'un organisme peut agir.

Une soustraction montre autre chose, et de plus fort : que sans lui, la chose ne se fait pas. C'est la différence entre suffisant et nécessaire, et c'est la seule façon d'établir qu'un acteur est indispensable plutôt que présent.

Le site peut donc écrire, sans forcer, que la suppression sélective des levures a été conduite au moins deux fois, par deux équipes indépendantes, à trois ans d'écart, avec des protocoles différents, et que les deux fois le café obtenu s'est révélé défaillant : sans goût chez Elhalis et ses coauteurs, avec une dégradation du mucilage restée incomplète dans l'essai de 2023. C'est, dans ce domaine, un des rares résultats à avoir été reproduit.

Deux réserves doivent voyager avec lui, et elles sont de nature pratique. La première est que supprimer des levures demande un antifongique, c'est-à-dire un produit qui est lui-même un traitement : sans un témoin où l'antifongique est appliqué à une modalité qui ne doit pas perdre ses levures, on ne peut pas exclure que l'effet vienne en partie du produit et non de l'absence des organismes.

La seconde est que « sans goût » est un verdict sensoriel, et que ni le nombre de dégustateurs, ni l'aveugle, ni l'échelle employée ne sont donnés dans le compte rendu de seconde main dont on dispose ici. Il faudra lire l'article avant de porter cette formule comme une mesure.

Ce qui achèverait le dossier est simple à formuler : une troisième réplication, sur une autre origine, avec le témoin antifongique décrit ci-dessus et un panel à l'aveugle. Rien dans ces deux essais n'exige un équipement rare.

\n Hackler et Särchen, chapitre 4, p. 43, d'après Elhalis, Cox et Zhao, International Journal of Food Microbiology, 2020. Essai comparable : Yeast, 40, 2023, p. 425 à 436.\n