Personne ne les met là. Les micro-organismes arrivent avec la cerise : ils sont sur la peau du fruit, sur les mains, sur les bacs, dans l'eau. Une fermentation spontanée, c'est simplement ce petit monde qui trouve d'un coup une montagne de sucre et se met à la manger.

Trois familles comptent, et elles ne travaillent pas en même temps.

• Les levuresElles arrivent les premières et transforment le sucre en alcool. Ce sont elles qui produisent la plus grande part des molécules fruitées et florales.
• Les bactéries lactiquesElles prennent le relais et produisent l'acide lactique, celui du yaourt. C'est la voie qui donne les profils crémeux et acidulés.
• Les bactéries acétiquesElles arrivent en dernier, et seulement s'il y a de l'air. Elles transforment l'alcool en vinaigre. Un peu, c'est du fruit mûr. Beaucoup, c'est un défaut.

Cette succession explique la règle la plus simple du métier : la durée n'est pas un réglage de goût, c'est le choix du moment où l'on arrête une course.

Les genres, les populations et la bascule écologique

La flore de départ est dominée par des entérobactéries, Klebsiella, Enterobacter, Erwinia, présentes dès le dépulpage et rapidement supplantées : elles ne supportent pas l'acidification qu'elles contribuent à déclencher. Suivent les levures, Hanseniaspora uvarum, Pichia kudriavzevii, Saccharomyces cerevisiae, Torulaspora delbrueckii, puis les bactéries lactiques, Leuconostoc mesenteroides, Lactiplantibacillus plantarum, Lactococcus lactis. Les bactéries acétiques, Gluconobacter et Acetobacter, ne s'installent que là où l'oxygène reste disponible, c'est-à-dire en surface de cuve et sur les aires de séchage.

La bascule n'est pas une horloge, c'est une compétition. Trois variables la commandent : la température, qui accélère tout et déplace l'équilibre vers les lactiques au-dessus de 25 °C environ ; le pH de départ, qui dépend de la maturité des cerises ; et la disponibilité en oxygène, qui décide seule du sort des acétiques. Le mucilage fermente dans une plage allant d'environ 12 à 34 °C, ce qui recouvre presque toutes les conditions de terrain et explique qu'aucune durée ne se transpose d'une origine à l'autre.

L'inoculation de souches sélectionnées consiste à court-circuiter cette compétition en imposant dès le départ une population dominante. Le gain démontré est la régularité d'un lot à l'autre, pas la qualité absolue.

Haile et Kang 2019 ; Elhalis et al., The crucial role of yeasts in the wet fermentation of coffee beans and quality, International Journal of Food Microbiology, 2020 ; plage de température : Coffee mucilage clarification, 2023

Du vinaigre sans air : ce que change un sucre à cinq carbones

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La règle que la section vient d'énoncer est la plus simple du métier et la plus utile : les bactéries acétiques n'arrivent que s'il y a de l'air, donc le vinaigre est un défaut de cuve ouverte et d'aire de séchage. Elle reste vraie pour ces bactéries-là. Elle cesse d'être vraie pour la molécule, et c'est une nuance que la planche n'a nulle part.

Il faut d'abord un mot de vocabulaire, que la section 02 emploie sans le gloser. Une bactérie lactique est dite homofermentaire quand elle ne rend qu'un seul produit final utile, l'acide lactique, et hétérofermentaire quand elle en rend plusieurs à la fois, typiquement de l'acide lactique, de l'éthanol, de l'acide acétique et du gaz carbonique. Ce n'est pas une caractéristique fixe de l'espèce seulement : c'est aussi une conséquence de ce qu'on lui donne à manger.

Hackler et Särchen posent la contrainte. Quand le substrat de départ est constitué de pentoses, c'est-à-dire de sucres bâtis sur cinq atomes de carbone comme le xylose ou l'arabinose, la voie homofermentaire n'est pas utilisable : seule la voie hétérofermentaire reste ouverte, et elle rend de l'acide acétique. La raison est comptable, au sens strict du terme. La voie homofermentaire est équilibrée pour un sucre à six carbones que l'on coupe en deux moitiés égales ; un sucre à cinq carbones ne se coupe pas ainsi, il passe par une enzyme, la phosphocétolase, qui en détache un fragment à deux carbones.

Ce fragment ne peut pas devenir du lactate, il sort en acétate. L'acide acétique n'est donc pas ici le produit d'une oxydation de l'éthanol par un organisme aérobie ; il est un sous-produit obligé de la façon dont on découpe la molécule.

Or les mêmes auteurs écrivent, deux chapitres plus haut, que le mucilage contient précisément de l'arabinose et du xylose. La conclusion est directe et elle n'a pas besoin d'hypothèse intermédiaire : une cuve hermétiquement fermée, sans une seule bactérie acétique et sans une molécule d'oxygène, peut produire de l'acide acétique, simplement parce qu'une partie du sucre disponible est en pentoses.

Trois conséquences pratiques en découlent, et elles corrigent des raisonnements qui circulent.

• Mesurer de l'acétate ne prouve pas une entrée d'airC'est l'inférence la plus courante et la plus fragile. Un producteur qui trouve de l'acide acétique dans une cuve fermée en conclut que son joint fuit. Il peut avoir raison, il peut aussi n'avoir affaire qu'à la composition en sucres de son mucilage.
• L'hypothèse de la dégradation du lactate a maintenant une rivaleLa fiche sur la cuve fermée présente comme une hypothèse de ses auteurs l'idée que l'acide acétique mesuré viendrait de lactobacilles dégradant le lactate déjà produit. Ce mécanisme reste possible, mais il n'est plus le seul candidat, et celui des pentoses est mieux établi puisqu'il relève de la biochimie générale et non d'une inférence de terrain.
• Une cuve dite lactique n'est jamais purement lactiqueLa part d'acide acétique qu'on y trouve dépend en partie de la composition en sucres du mucilage, et pas seulement de l'étanchéité. C'est une variable que personne ne mesure et que personne ne déclare.

Ce qui manque pour aller plus loin est précis et modeste : le partage entre sucres à six et à cinq atomes de carbone dans le mucilage de café n'est publié nulle part avec sa dispersion, ni sa variation avec la variété et la maturité. Tant qu'on ne l'a pas, on sait que la voie existe, on ne sait pas quelle part de l'acétate d'une cuve fermée lui revient.

\n Hackler et Särchen, chapitre 3, p. 28 pour la contrainte de substrat ; chapitre 2, p. 9 pour les pentoses du mucilage. Hypothèse concurrente : fiche 09, champ PRINCIPE.\n